Úvodní stránka

Příspěvek k diagnostice covidu-19 pomocí PCR

J. Beneš, 28. 9. 2020

     Počátkem dubna jsme na webových stránkách SIL zveřejnili kazuistiku pacienta s pravděpodobnou koronavirovou infekcí, u něhož PCR test vyšel negativní (https://www.infekce.cz/zprava20-46.htm). Nyní přinášíme zprávu o dvou jiných nemocných, kteří prodělali covid-19, přičemž první vyšetření byla hraniční, další negativní, a teprve třetí provedený test potvrdil klinickou diagnózu.

     U obou nemocných jsme dohledali kvantitativní výsledky testování. Ujistili jsme se také, že zejména druhé odběry sekretu z nosohltanu byly provedeny zkušenými pracovníky a pečlivě. Rovněž transport odebraných vzorků do laboratoře a jejich testování proběhlo standardním způsobem. Možnost chyb v preanalytické i analytické fázi vyšetřování samozřejmě nemůžeme stoprocentně vyloučit, ale považujeme je za velmi nepravděpodobné. O to závažnější jsou zjištěné výsledky.

Kazuistika 1

     19letý student střední školy, dosud zdravý, bez komorbitid, které jsou uváděny jako disponující faktory pro těžší formu nemoci. Prodělal běžné dětské infekce, aniž by měly závažný průběh. Neužívá trvale žádné léky, není alergik. Rodinná anamnéza nevýznamná.

     Po zahájení školního vyučování byl v kontaktu se spolužákem, u něhož se později prokázalo koronavirové onemocnění. Není si vědom, že by jeho kontakt s tímto spolužákem byl více intenzivní, než jaký měli ostatní studenti.

     První, nespecifické známky nemoci se u pacienta objevily 8.-10. 9. Poté začaly narůstat teploty, 14. 9. byl distančně vyšetřen praktickým lékařem, který mu předepsal Ospen. Následující den začal být dušný, proto volána RZ, která pacienta dopravila na naši kliniku.

     Při příjmu byl pacient plně lucidní, anxiózní, febrilní 38,7 °C, dušný (DF 22/min, saturace pulzním oxymetrem 92-93 % při podávání 3 l/min kyslíku maskou), TK 115/71, pulz 113/min. Auskultačně zhrubělé dýchání, při bazích oslabené, vpravo ojedinělé chrůpky. Ostatní nález byl fyziologický. Krevní obraz byl normální, v diferenciálu lymfopenie 0,7×109/l. Glykémie 5,9 mmol/l, CRP 103 mg/l, LD 10 µkat/l, myokardiální enzymy v normě. Na rtg snímku bylo zřejmé oboustranné zastření dolních plicních polí (obr. 1). Výtěr z nazofaryngu na PCR diagnostiku bakteriálních respiračních patogenů (Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae) byl negativní, stejně jako vyšetření pneumokokových a legionelových antigenů v moči. PCR vyšetření na přítomnost SARS-CoV-2 vyšlo hraniční a při kontrole následující den negativní. Teprve třetí vyšetření přineslo pozitivní výsledek (tabulka 1).

     Pacient byl vzhledem k respirační insuficienci druhý den po příjmu přeložen na JIP. Byl léčen neinvazivní ventilací (NIV), střídavě s podáváním vysokoprůtokového kyslíku (HFO), dále dostal remdesivir a dexametazon, v souladu s doporučeným postupem, a také antibiotika v důsledku bakteriální superinfekce dýchacích cest. V současné době je ve stabilizovaném stavu, již na standardním oddělení.

Kazuistika 2

     60letá zdravotní sestra, která kromě běžných infekcí prodělala v dětství i tuberkulózu. Z disponujících faktorů má pouze obezitu (BMI ˃30) a poruchu glukózové tolerance, z dalších nemocí chronický vertebrogenní algický syndrom a sennou rýmu. Trvale neužívá žádné léky.

     Od začátku dubna opakovaně ošetřovala pacienty s koronavirovou infekcí, včetně osob s tracheostomií. Od 28. 4. pociťovala pálení v krku a bolest hlavy, v dalších dnech anosmii a suchý kašel. Zvýšenou teplotu neměla.

     Dne 2. 5. byla poprvé vyšetřena na přítomnost koronavirové infekce, výsledek byl uzavřen jako hraniční. Vzhledem k pozitivní epidemiologické anamnéze a suspektnímu klinickému průběhu byla pacientka odeslána do domácí izolace. Současně byla také odebrána krev na vyšetření protilátek proti SARS-CoV-2. Vyšetření bylo provedeno ELISA testem a přineslo následující nález: IgM a IgG negativní, IgA hraniční hodnoty.

     Dne 4. 5. bylo PCR vyšetření zopakováno, s negativním výsledkem. Vyšetření krve provedené následující den neprokázalo významnější bakteriální infekci (CRP 5,1 mmol/l). Na rtg hrudníku v téže době nebyly zjištěny žádné infiltrativní změny na plicích. Kontrolní, v pořadí již třetí PCR konečně potvrdilo diagnózu covidu-19 (tabulka 1).

     Během pobytu doma dominovala únava, nechutenství, suchý kašel, zvýšené pocení, anosmie a pocit otupělosti. Po cca 10 dnech se stav začal postupně zlepšovat, přetrvávala ještě únavnost, anosmie a řidší stolice. Nemoc odezněla bez následků.

     Kontrolní PCR vyšetření 15. 5. vyšlo negativní. Po třech měsících (26. 8.) byla zopakována i sérologie, tentokrát s pozitivním nálezem IgM, IgG i IgA protilátek (ELISA).

Tab. 1: Provedená vyšetření na přítomnost virové RNA v nazofaryngu

Datum Trvání nemoci Klinické projevy Vyšetřované virové geny

Hodnoty Cta(počet cyklů)

Hodnocení

Výrobce kitu (typ testu)

Pacient 1

15. 9. 7 dní +++ EndoRNAse
Spike
36
negat
hraniční Diana
Biotechnologies

16. 9. 8 dní

+++

EndoRNAse
Spike
negat
negat
negativní dtto
17. 9. 10 dní +++ EndoRNAse
Spike
34
33
pozitivní dtto
Pacientka 2
2. 5. 5 dní ++ E (envelope)
RdRP (polymerase)
N (nucleocapside)
negat
negat
36
hraniční Seegene
(Allplex)
4. 5. 6 dní ++ E (envelope)
RdRP (polymerase)
N (nucleocapside)
negat
negat
negat
negativní dtto
5. 5. 7 dní ++ E (envelope)
N (nucleocapside)
33
36
pozitivní BioVendor
(GeneXpert)
15. 5. 17 dní + E (envelope)
RdRP (polymerase)
N (nucleocapside)
negat
negat
negat
negativní Seegene
(Allplex)

a Hodnota Ct (cycle of treshold) udává počet cyklů replikace nukleové kyseliny, které bylo potřeba provést, než bylo dosaženo detekční hranice. Nízká hodnota Ct znamená, že ve vyšetřovaném vzorku bylo přítomno velké množství hledané nukleové kyseliny – čili již po několika replikačních cyklech vzrostla její koncentrace natolik, že bylo možno ji prokázat.

V praxi se naměřená velikost Ct interpretuje tak, že hodnoty 20-25 znamenají jasně pozitivní nález a hodnoty 30-40 je naopak možné popsat jako slabě pozitivní nález. Po 40 cyklech se test ukončuje; jestliže nebyla hledaná nukleová kyselina zjištěna, je výsledek testu negativní. Údaje uvedené v tabulce laskavě poskytla MUDr. Anna Poláková, OKM nemocnice Na Bulovce.

Rtg plic pacienta 1, provedený při příjmu   Obr. 1: Rtg plic pacienta 1, provedený při příjmu

 

Diskuse

     Negativita vyšetření týden po začátku nemoci, při přítomnosti typických klinických projevů, je překvapující. Naše pozorování ukazuje na možnost, že u části nemocných s vyvinutými projevy akutní respirační infekce PCR diagnostika selhává. Určitě se to neděje často, ale pravděpodobně to není ani výjimečné. Tento text by měl povzbudit čtenáře, kteří se s podobnou situací setkali, aby se nenechali odradit negativním výsledkem virologického vyšetření a při trvajícím klinickém podezření test zopakovali.

     Druhým výstupem tohoto textu je rada nespoléhat při diagnostických pochybnostech na standardní způsob sdělování výsledků (pozitivní-hraniční-negativní) a žádat od laboratoře podrobnější údaj, obsahující informaci o hodnotě Ct. Pak lze došlé výsledky mnohem lépe posuzovat. Například v našem případě, jestliže víme, že Ct ≥ 35 má blízko k negativitě, můžeme říci, že u obou nemocných pravděpodobně nešlo o chybu v jednotlivém  odběru nebo měření, ale že tito pacienti skutečně vylučovali neobvykle malé množství viru. Vedlejším přínosem kvantitativní diagnostiky je i možnost odhadnout infekciozitu nemocného, čili riziko, které nemocný představuje pro osoby ve svém okolí.

Závěr

     Naše pozorování potvrzuje dávnou zkušenost, že jakýkoli laboratorní nález musí být korelován s klinickým průběhem nemoci. Dojde-li k rozporu mezi laboratorními nálezy a klinickou diagnózou, je nutné zvýšit pozornost a pokračovat ve vyšetřování.

Zpět
Archiv zpráv
Úvodní stránka

SIL © 28. 9. 2020